תהליך יישום פדגוגיה מוטת עתיד יכול להתבצע בארגוני חינוך הנמצאים ברבדים השונים של מערכת החינוך החל ממוסדות החינוך, דרך רשויות מקומיות, בעלויות ורשתות חינוך, המשך במוסדות הכשרת מורים ועד למחוזות וגופי מטה של משרד החינוך. מדובר בתהליך  תהליך התאמה ושיפור מתמיד של הפדגוגיה, המבוסס על יישום הדרגתי וחדשני של מרכיבי תפישת פדגוגיה מוטת עתיד. התהליך כולל ביצוע מחזורי של השלבים הבאים (איור 25):

איור 25 - שלבי תהליך יישום פמ"ע באמצעות מודל הבשלות