מעבר להתמודדות עם סביבה חיצונית מורכבת ומשתנה נדרשים ארגוני חינוך להתמודד גם עם סביבה ארגונית פנימית מורכבת ומשתנה. ניתן להגדיר ארגוני חינוך ברמות שונות החל ממערכת החינוך כולה, דרך יחידות במשרד החינוך כגון גופי מטה או מחוזות, המשך ברשתות חינוך או אגפי חינוך ברשויות, וכלה במוסדות חינוך כגון בתי ספר וגנים. ארגוני חינוך ברמות השונות הם מערכות חברתיות, מורכבות, דינמיות ופתוחות לסביבה, הכוללות מגוון רחב של ישויות המקיימות יחסי גומלין הדדים באופן המשפיע על התפקוד הכולל של ארגון החינוך.^[13]

המורכבות הארגונית הפנימית של ארגוני חינוך נובעת ממגוון היבטים המאפיינים אותם:

• מורכבות ארגונית אנכית - הנובעת מריבוי רמות היררכיה בארגון
• מורכבות ארגונית אופקית - הנובעת ממספר מחלקות או מומחים מקצועיים הנמצאים אופקית בארגון
• מורכבות ארגונית מרחבית - הנובעת מההתפלגות הגיאוגרפית של מחלקות או צוותים בארגון
• מורכבות טכנולוגית - הנגזרת מהטכנולוגיה המיושמת בארגון כדי לייצר תוצרים
• מורכבות ארגונית הסתגלותית - הנובעת מהצורך של מרכיבי הארגון השונים, המקיימים יחסי גומלין בינם לבין עצמם ועם הסביבה, להסתגל ולהתפתח באופן אינטגרטיבי. שינויים באופן פעולת הארגון, כגון הרחבת מערכות הקשרים של הארגון, יישום תהליכים חדשים וביצוע שינויים מהירים בארגון, עשויים להוביל להקמת יחידות חדשות המוסיפות ערך לארגון אך גם מעלות את רמת המורכבות הארגונית.

מגמות שונות מגבירות עוד יותר את המורכבות של ארגוני חינוך בעידן הנוכחי ומייצרות רשת מורכבת של יחסי גומלין בתוך ארגון החינוך ובינו לבין סביבתו^{[14] [15]}:

• ביזור והאצלת סמכויות לארגוני חינוך, המייצר תפקידים ותהליכים חדשים כדי לספק גמישות במתן מענה לצרכים מקומיים.
• ריבוי ומגוון בעלי עניין המעורבים בתהליכי קבלת החלטות בארגון החינוך (כגון הרגולטור, ההורים, איגודי המורים, אקדמיה, צבא, שוק התעסוקה ועוד), הגורמים להוספת רבדים חדשים למבנים ותהליכים ארגוניים בארגון החינוך^[16].
• חינוך מותאם אישית לצרכים והשאיפות של כל לומד, המייצר רשת חדשה ומורכבת של תלויות ויחסי גומלין בארגון החינוך בין מורים ותלמידים. ולסיום, מגמת המשילות מרובת השכבות במערכת החינוך (מטה משרד החינוך, מחוז, רשות מקומית, בית הספר, בעלי עניין נוספים), כאשר הקשרים בין בעלי העניין השונים על פני השכבות גמישים, נתונים למשא ומתן ומייצרים רשת מורכבת של תלויות ויחסי גומלין בתוך ארגון החינוך ובינו לבין סביבתו. השילוב של מגמות אלו, והמגוון העשיר של התקנות החוקיות והבקרות הממשלתיות החל על ארגוני חינוך, מגבירים את המורכבות הארגונית הפנימית שלהם ומקשים עליהם לספק מענה איכותי בקצב התואם את השינויים המהירים במציאות.