ארגון חינוך מורכב מסתגל נדרש להשקיע תקציב ומשאבים כדי להקים ולנהל את שלושת עמודי התווך עליהם הוא עומד: מצפן ארגוני, בעלי העניין אוטונומיים ופעלנים ואקו-סיסטם ארגוני תומך ומאפשר. המעבר מארגון חינוך מסורתי ארגון חינוך מורכב מסתגל הוא פרויקט הדורש הקמת תשתיות ארגוניות מרכזיות, הכשרת ההון האנושי והטמעת דפוסי התנהלות חדשים. בנוסף, נדרשת השקעת תקציב ומשאבים בהתנהלות השוטפת של ארגון חינוך מורכב מסתגל, הנמצא בתהליך שינוי ושיפור מתמיד. מערכת החינוך צריכה להקצות את המשאבים הנדרשים להקמה ותפעול שוטף של ארגוני החינוך המורכבים מסתגלים הפועלים בה ולאפשר להם אוטונומיה בניצול משאבים אלו לקידום התפתחותם הייחודית.