מסלול נוסף להטמעת תפישת פמ"ע במוסדות חינוך הוא תכנון מערכי שיעור תואמי פמ"ע. יתרונו של מסלול הטמעה זה הוא בכך שהוא משתלב בעשייה היום יומית השוטפת של מוסדות החינוך וניתן לביצוע על ידי כל מורה באופן עצמאי ומקומי. ניתן כמובן לאמץ את מתודת מערך שיעור תומך פמ"ע כתקן של מוסד החינוך כולו אך אין זה תנאי סף ליישום המסלול. בנוסף, ניתן ליישם מסלול הטמעה זה גם במערכי שיעור הנלמדים במסגרת תחומי הדעת הדיסציפלינאריים, מולם מתבצעת עיקר הלמידה כיום, ולאפשר באופן זה שילוב מערך המפמ"רים ומדריכי המפמ"רים בהטמעת הפמ"ע.

ליישום מתודת מערך שיעור תומך פמ"ע מספר יתרונות עיקריים. ראשית הוא מגביר את הרלוונטיות של מערך השיעור הן מנקודת מבטם הסובייקטיבית של התלמידים והן באופן אובייקטיבי אל מול מטרות החינוך והיבטי המציאות המשתנה. שנית, הוא מחדד את מטרות מערך השיעור בהקניית ידע, מיומנויות, גישות וערכים רלוונטיים. שלישית הוא מיישם עקרונות פמ"ע בהיבטים שונים של שדה הפעולה החינוכי כדי לייצר מערך שיעור אפקטיבי המשיג את מטרותיו באופן יעיל יותר.

תכנון מערך השיעור תואם הפמ"ע יתבצע בהתייחס להיבטי הרציונל (לשם מה), היעדים של מערך השיעור (מה - תכני הלימוד) ואופני הלמידה (איך לומדים):  

• רציונל מערך השיעור (לשם מה) – בהיבט זה ניתן להתייחס למרכיבי פמ"ע הבאים :
  • התכווננות לשלומות – כיצד השיעור מפתח את שלומות התלמידים בהווה ובעתיד
  • מענה לאתגרים וההזדמנויות הנגזרים מהמגמות – כיצד השיעור מתייחס לאתגרים והזדמנויות החינוכיים הנגזרים ממגמות המציאות המשתנה.
• יעדי מערך השיעור (מה) – כיצד מוגדרים יעדי מערך השיעור במונחים תכני לימוד נדרשים, כלומר של ידע, מיומנויות, גישות וערכים אותם מעוניינים להקנות ולפתח בקרב הלומדים
• אופני הלמידה (איך) – בהיבט זה ניתן להתייחס למרכיבי הפמ"ע הבאים:
  • עקרונות פדגוגיה מוטת עתיד – אלו עקרונות פמ"ע יבואו לידי ביטוי במערך השיעור מתוך ששת העקרונות (פרסונליות, שיתופיות, אי פורמליות, גלוקליות, תמורתיות, תכלול של זהות וייעוד אישי).
  • פרקטיקות שדה הפעולה החינוכי – מהן פרקטיקות ההתנהלות, בהיבטים הפדגוגיים והארגונים של שדה הפעולה החינוכי, שייושמו במערך השיעור כדי להשיג את הרציונל, היעדים והעקרונות שנבחרו (פרקטיקות בהיבטי תוכניות לימודים, למידה, הוראה, הערכה, מנהיגות חינוכית, תכנון וארגון, חיבוריות ותשתיות פיזיות וטכנולוגיות.