ארגון חינוך, המתמודד עם מציאות מורכבת ומשתנה, נדרש להגדיר ולנהל מצפן ארגוני, המגדיר באופן ברור את המדיניות הפדגוגית והארגונית של הארגון ומאפשר לו לנווט בהצלחה להשגת יעדיו גם במציאות תנודתית. מצפן ארגוני יוצר זהות ארגונית חזקה, העונה על צרכי העובדים בהשתייכות, לכידות חברתית, מטרה ומשמעות. לכן, ארגונים מוטי עתיד מבהירים את מטרותיהם, מציגים דרכים ברורות ליצירת ערך כנגזרת מהמטרה הארגונית באופן המייחד את הארגון ויוצרים, תרבויות חזקות ומובחנות המקדמות מטרות אלו ועוזרות למשוך ולשמר את האנשים הטובים ביותר^[36].

קיום מצפן ארגוני ממקד את עשיית כלל בעלי העניין הפנימיים והחיצוניים של ארגון החינוך ומאפשר להם לפעול באופן מבוזר, אוטונומי ובמגוון דרכים כדי להשיג את יעדי המדיניות הפדגוגית ארגונית. ביזור השליטה בארגון ללא מצפן עלולה לייצר אנרכיה ארגונית, שבה בעלי עניין שונים פועלים להשיג מטרות מקומיות, שאינן המטרות הרצויות של ארגון החינוך. תפקיד נוסף של המצפן הארגוני הוא הכוונת הבנייה והעדכון של האקו-סיסטם הארגוני התומך והמאפשר את פעולתם של בעלי העניין בארגון החינוך.