מערכת החינוך היא ארגון בעל רבדים שונים כגון מחוזות, מינהלים (כגון החמ"ד), בעלויות (כגון רשתות חינוך), אגפי חינוך ברשויות המקומיות ומוסדות חינוך. לכן, המצפן של ארגוני חינוך, הפועלים בתוך מערכת החינוך, כולל רבדים של ארגוני חינוך אליהם משתייך ארגון החינוך. כך למשל, מצפן ארגוני של מוסד חינוך יכול לכלול רבדים של מצפני הרשות, המחוז ומערכת החינוך שכל אחד מהם מתבסס על קודמו, הבסיסי ממנו, באופן עקבי והרמוני וללא סתירות (איור 16).

איור 16 –  מצפן ארגוני בית ספרי